中國科學院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所坐落于歷史文化名城—長沙，前身是中國科學院桃源農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，1978年6月在湖南省桃源縣成立，1979年遷至長沙市并更名為中國科學院長沙農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，2002年5月進入中國科學院知識創(chuàng)新工程試點序列，2003年10月更為現(xiàn)名。現(xiàn)有職工220人，其中研究員及正高級工程技術人員36人、副研究員及高級工程技術人員62人。設有生態(tài)學博士、碩士學位授予點和動物營養(yǎng)與飼料科學以及環(huán)境工程碩士學位授予點，生態(tài)學博士后科研流動站。

研究所學科方向為亞熱帶復合農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學，重點開展農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)格局與過程調(diào)控、畜禽健康養(yǎng)殖與農(nóng)牧系統(tǒng)調(diào)控技術和作物耐逆境分子生態(tài)學機理及其品種選育等三個方面的研究，目前設有區(qū)域農(nóng)業(yè)生態(tài)、畜禽健康養(yǎng)殖、作物耐逆境分子生態(tài)等三個研究中心，擁有中國科學院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)過程重點實驗室、農(nóng)業(yè)生態(tài)工程湖南省重點實驗室、湖南省畜禽健康養(yǎng)殖與環(huán)境控制工程中心和廣西石漠化治理工程技術研究中心，設立有桃源農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)觀測研究站、環(huán)江喀斯特生態(tài)系統(tǒng)觀測研究站、洞庭湖濕地生態(tài)系統(tǒng)觀測研究站、長沙農(nóng)業(yè)環(huán)境觀測研究站等4個野外站。